Durante o primeiro trimestre, os fármacos têm efeitos teratogénicos situando-se o risco maior entre a 3ª e 11ª semana de gravidez (fase de organogénese) devendo, sempre que possível, ser evitados. A serem necessários, preferir os já largamente utilizados, em vez dos novos, menos conhecidos, na menor dose eficaz, optando por formulações com um só fármaco, em vez de outras com dois ou mais componentes. Durante o segundo e terceiro trimestres podem afectar o crescimento e o desenvolvimento funcional ou ter efeitos tóxicos sobre os tecidos fetais. Se dados à mãe muito próximo do fim da gravidez, ou durante o parto, podem ter efeitos adversos não só na evolução do trabalho de parto como no recém-nascido, após o nascimento.
De acordo com o Manual Merk em http://www.manualmerck.net/., nomeei alguns dos fármacos contraindicados:
Talidomida Foi introduzido na Europa em 1956, como tratamento para a gripe ou como sedativo. Em 1962, descobriu-se que, se as gestantes tomassem talidomida quando os órgãos do feto estavam em desenvolvimento, produziam-se anomalias congénitas, como um desenvolvimento incompleto dos braços e das pernas, bem como malformações do intestino, do coração e dos vasos sanguíneos.
Isotretinoína 
Utilizada para tratar o acne grave, a psoríase e outros problemas cutâneos, provoca grandes anomalias congénitas. Entre as mais significativas destacam-se as deficiências cardíacas, orelhas pequenas e hidrocefalia.O risco de anomalias congénitas é de cerca de 25 %.
Etretinato Utilizado para tratar problemas cutâneos, também produz anomalias congénitas. Como este fármaco se armazena na gordura que há sob a pele e se liberta lentamente, pode continuar a provocar anomalias congénitas durante 6 meses ou mais depois de a mulher deixar de o tomar. Por isso, às mulheres que consomem este fármaco é recomendado esperar pelo menos um ano antes de engravidar.
Hormonas sexuais As hormonas androgénicas (masculinizantes), tratamento habitual para vários problemas sanguíneos, bem como os progestagénios sintéticos, tomados durante as primeiras 12 semanas depois da fecundação, provocam masculinização dos órgãos genitais de fetos femininos. Os contraceptivos orais não contêm quantidade de progesterona suficiente para produzir estes efeitos.
Dietilestilbestrol (DES) Um estrogénio sintético, provoca cancro vaginal nas adolescentes cujas mães tomaram este fármaco durante a gravidez. Com o passar do tempo, estas raparigas podem ter uma cavidade uterina anormal, sofrer de problemas menstruais, debilidade do colo uterino (incompetente), que pode ser causa de abortos, e aumento da incidência de gravidezes ectópicas ou de partos em que o feto morre pouco antes de nascer ou imediatamente depois. Os meninos expostos ao dietilestilbestrol podem ter anomalias no pénis.
Meclozina A meclozina, que se costuma tomar para os enjoos durante as viagens e para as náuseas e vómitos, provoca anomalias congénitas nos animais, mas não foram detectados os mesmos efeitos nos seres humanos.
Os recém-nascidos que antes do nascimento foram expostos à fenitoína e ao fenobarbital podem ter hemorragias facilmente, porque estes fármacos provocam uma deficiência de vitamina K, necessária à coagulação.
As mulheres com epilepsia, embora não tomem anticonvulsivantes durante a gravidez, têm mais probabilidades de ter recém-nascidos com anomalias congénitas do que as mulheres que não têm epilepsia.
Vacinas Excepto em circunstância especiais, às mulheres grávidas ou que poderão está-lo não se aplicam vacinas que contenham vírus vivos. A vacina contra a rubéola, feita com vírus vivos, pode causar infecção tanto na placenta como no feto em desenvolvimento. As vacinas com vírus vivos (como as do sarampo, a parotidite, a poliomielite, a varicela e a febre amarela) e outras vacinas (como as da cólera, da hepatite A e B, da gripe, da peste, da raiva, do tétano, da difteria e da febre tifóide) são administradas às mulheres grávidas apenas no caso de existir um risco importante de serem infectadas com um desses microrganismos.
Fármacos tiróideos O iodo radioactivo que se administra a uma mulher grávida para tratar uma tiróide hiperactiva (hipertiroidismo) pode atravessar a placenta e destruir a tiróide do feto, ou provocar uma diminuição grave da actividade da referida glândula (hipotiroidismo). O propiltiouracilo e o metimazol, fármacos que também se usam para tratar uma tiróide hiperactiva, atravessam a placenta e podem aumentar o tamanho da tiróide do feto. Quando é necessário, o propiltiouracilo é o mais usado porque é mais facilmente tolerado pela mãe e pelo feto.
Analgésicos opiáceos e anti-inflamatórios não esteróides
Os analgésicos opiáceos e os anti-inflamatórios não esteróides (AINE), como a aspirina, chegam ao feto em quantidades significativas se forem ingeridos por uma mulher grávida. Os filhos de mulheres dependentes dos analgésicos narcóticos (opiáceos) podem-se tornar toxicodependentes antes do nascimento e mostrar sintomas de privação entre as 6 horas e os 8 dias depois do parto. Se forem tomadas grandes doses de aspirina, podem produzir-se hemorragias na mãe ou no recém-nascido. A aspirina, como outros salicilatos, pode aumentar os níveis de bilirrubina no sangue do feto, provocando icterícia e, por vezes, lesões cerebrais.
Ansiolíticos e antidepressivos Os ansiolíticos provocam anomalias congénitas quando são administrados durante o primeiro trimestre da gravidez, apesar de este efeito ainda não ter sido provado. A maioria dos antidepressivos parecem ser bastante seguros se forem usados durante a gravidez, mas o lítio pode provocar anomalias congénitas (principalmente no coração). Os barbitúricos, como o fenobarbital, administrados a uma mulher grávida, têm tendência para reduzir a icterícia ligeira que se observa nos recém-nascidos.
A administração de antibióticos como a estreptomicina ou a kanamicina durante a gravidez pode lesar o ouvido interno do feto e até provocar surdez. O cloranfenicol não danifica o feto, mas provoca uma grave doença no recém-nascido conhecida como síndroma do bebé cinzento. A ciprofloxacina não deverá ser tomada durante a gravidez porque foi provado que nos animais provoca anomalias nas articulações. Pelo contrário, as penicilinas parecem ser inócuas.
A maioria dos antibióticos com sulfonamida, administrados no final da gravidez, podem fazer com que o recém-nascido contraia icterícia, que pode provocar uma lesão cerebral. No entanto, existe um antibiótico com sulfonamida, a sulfasalazina, que muito raramente provoca este problema.
Anticoagulantes O feto em desenvolvimento é extremamente sensível aos dicumarínicos, fármacos que evitam a formação de coágulos (anticoagulantes). Em até 25 % dos bebés expostos a estes fármacos durante os primeiros 3 meses de gravidez são detectadas anomalias congénitas significativas. Além disso, há risco de que ocorra uma hemorragia tanto na mãe como no feto. Se uma mulher grávida for propensa a formar coágulos no sangue, a heparina é uma alternativa muito mais segura.
Fármacos para o coração e para os vasos sanguíneos
A administração destes fármacos durante a gravidez é necessária para tratar certos problemas que são crónicos ou que surgem durante a gravidez, como a pré-eclampsia (hipertensão, presença de proteínas na urina e acumulação de líquidos durante a gravidez) e a eclampsia (convulsões em consequência da pré-eclampsia). Em geral, estes problemas são consequência de uma descida demasiado rápida da tensão arterial da mãe, que provoca uma redução considerável do afluxo sanguíneo à placenta. Do mesmo modo, deve ser evitada a administração dos inibidores do enzima conversor da angiotensina e dos diuréticos tiazídicos, porque podem provocar graves problemas fetais. A digoxina, utilizada para tratar a insuficiência cardíaca e algumas anomalias da frequência cardíaca, atravessa a placenta muito facilmente, embora os seus efeitos no bebé, antes ou depois do parto, sejam muito escassos.
Alguns fármacos, como a nitrofurantoína, a vitamina K, as sulfonamidas e o cloranfenicol, podem provocar uma destruição dos glóbulos vermelhos das gestantes e dos fetos com deficiência da glicose-6-fosfatodesidrogenase (G6PD), um problema hereditário que afecta as membranas dos glóbulos vermelhos.
